Покритикуйте, пожалуйста, нашу бесплатную базу на 1.7 миллиарда конформеров

обсуждение вопросов физической химии и химической физики
physical chemistry and chemical physics: discussions for professionals
Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1881
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Покритикуйте, пожалуйста, нашу бесплатную базу на 1.7 миллиарда конформеров

Сообщение amge » Ср окт 20, 2021 10:41 am

chemigor писал(а):
Вт окт 19, 2021 4:26 pm
Эх, так бы хотелось бы побольше таких примеров, мне тогда будет проще понять, где искать причину и как улучшать.
В статьях по генераторам конформеров имеются ссылки на специальные базы, которые можно использовать для тестирования. Масса примеров есть у меня. Среди них выделю несколько примеров по макроциклам, для которых в литературе был сделан конформационный поиск, но сделан плохо: Verticillatriene, POXTRD, 1w96, tentoxin. Если вы соберетесь публиковать свой алгоритм, то может пригодиться, чтобы сказать "а мой то лучше" :).

Еще, что касается разработки, насколько я знаю, генератор конформеров в MarvinSketch работает на схожих принципах (разбиение молекулы на фрагменты и состыковка их всевозможными способами), и где-то было описание их алгоритма. Может, там будет что-то полезное.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1881
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Покритикуйте, пожалуйста, нашу бесплатную базу на 1.7 миллиарда конформеров

Сообщение amge » Ср окт 20, 2021 11:07 am

chemigor писал(а):
Пт окт 08, 2021 12:25 am
Скажите, пожалуйста, на сколько будет интересно пользователям, если мы прикрутим к каждому из 1.7 миллиардов конформеров результат DFT расчета, хотя бы в вакууме?
С DFT еще есть такая опасность: DFT, как и любая квантовая химия, может не удержать топологию молекулы, и тогда получится совсем другое химическое соединение (если не делать специальных приседаний, как в crest'е у Гримме). Вот например, по запросу, который я делал выше, одним из первых был такой бирадикал (с какого перепугу он вообще попал в базу - другой вопрос):
Screenshot_2021-10-20_14-56-41.png
Скорее всего при оптимизации (обычной) квантовой химией вместо двух радикальных центров получится новая связь. И подобных примеров в той выдаче прилично.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

chemigor
Сообщения: 616
Зарегистрирован: Вс июн 21, 2015 5:29 pm
Контактная информация:

Re: Покритикуйте, пожалуйста, нашу бесплатную базу на 1.7 миллиарда конформеров

Сообщение chemigor » Пт окт 22, 2021 1:45 pm

Спасибо большое, amge!!!
amge писал(а):
Ср окт 20, 2021 10:41 am
Среди них выделю несколько примеров по макроциклам, для которых в литературе был сделан конформационный поиск, но сделан плохо: Verticillatriene, POXTRD, 1w96, tentoxin. Если вы соберетесь публиковать свой алгоритм, то может пригодиться, чтобы сказать "а мой то лучше" :).
да, честное сравнение всегда очень полезно, буду смотреть, надеюсь, что смогу выяснить причины не нахождения правильных конформеров.
amge писал(а):
Ср окт 20, 2021 10:41 am
Еще, что касается разработки, насколько я знаю, генератор конформеров в MarvinSketch работает на схожих принципах (разбиение молекулы на фрагменты и состыковка их всевозможными способами), и где-то было описание их алгоритма. Может, там будет что-то полезное.
Спасибо за наводку. В принципе идея-то не новая. Я ее еще с Элинжером в 90-х годах обсуждал, когда ваял свою первую молекулярную механику, а он как раз в Москву с докладом приезжал. Очевидно, что многие это пользуют. У меня оснавная фишка в том, что экономить время вычисления, если надо посчитать 100 миллионов структур и для каждой ищется пара десятков конформеров.

chemigor
Сообщения: 616
Зарегистрирован: Вс июн 21, 2015 5:29 pm
Контактная информация:

Re: Покритикуйте, пожалуйста, нашу бесплатную базу на 1.7 миллиарда конформеров

Сообщение chemigor » Пт окт 22, 2021 1:48 pm

amge писал(а):
Ср окт 20, 2021 11:07 am
С DFT еще есть такая опасность: DFT, как и любая квантовая химия, может не удержать топологию молекулы, и тогда получится совсем другое химическое соединение.

...

Скорее всего при оптимизации (обычной) квантовой химией вместо двух радикальных центров получится новая связь. И подобных примеров в той выдаче прилично.
Спасибо! Да, верно, я такие примеры уже у себя видел. Пока не придумал как просто от такой проблемы избавиться. Ваша наводка, надеюсь, поможет!!!

Ответить

Вернуться в «физическая химия / physical chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя