Как закрепить конформацию лиганда при докинге?

[nebeli]

Добрый день. При проведении докинга в программе MOE на этапе выбора файла со структурой лиганда (.mdb или .sdf) программа сама и принудительно меняет конфигурацию двойной связи нашей молекулы. Как это можно избежать?
Думаю мой вопрос не сложный, и наверняка есть какая-то настройка.

[Vanya Ivanov]

принудительно меняет конфигурацию двойной связи нашей молекулы.

Не понятно:
т.е. изменяет цис- транс- конфигурацию?
или меняет таутомерию или представление ароматичности?

[nebeli]

Не понятно:
т.е. изменяет цис- транс- конфигурацию?
или меняет таутомерию или представление ароматичности?

Меняет цис- на транс- (в моем случае вернее Z- на E-), не таутомеры. В исходном файле (.mdb или .sdf) молекула изображена в виде Z-диастереомера относительно двойной связи. В окне запуска докинга, после указания расположения файла, на предпросмотре уже вылазит E-изомер и далее считается он. У меня тризамещенная двойная связь, - пробовал водород менять, на любой неводородный атом - конфигурация сохраняется, но это получается, естественно не та молекула. Перекопал все настройки в ожидании увидеть что-то вроде галочки "не трогать двойные связи", или что-то близкое, но не нашел.

[Vanya Ivanov]

В МОЕ практически не работал, так знакомился ... конкретно присоветовать ничего не могу.
Но в MGL-tools (AutoDock) можно просто указать вращающиеся и не вращающиеся связи лиганда и\или боковых радикалов аминокислот. Это просто сохраняет желаемую конформацию или конфигурацию. Странно, что это не предусмотрено в МОЕ, хотя вроде бы это более мощный вычислительный пакет ПО. Пробуйте решить задачу в AutoDock или Vina.

[nebeli]

Vanya Ivanov, спасибо за ответ, буду далее при редкой необходимости работать в AutoDock, если там необходимая настройка на виду, но вопрос по MOE сохраняет актуальность