Отрицательная частота в выдаче Orca

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 839
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Отрицательная частота в выдаче Orca

Сообщение Vit Nhoc » Чт май 26, 2022 2:38 pm

Вопрос возможно ламерский, я с такими проблемами уже сталкивался ранее и уже не помню, как их решал. Мне надо на Orca 4.2.1 рассчитать некоторые молекулы, в частности метанол. Провёл оптимизацию в Cs (B3LYP/6-31++G(D,P)), потом частоты, и обнаружилась одна отрицательная частота (-60). Взял искажённую геометрию, провёл расчёт в C1, и результат тот же: в ходе оптимизации молекула скатывается к Cs, но последующий расчёт частот выдаёт одну отрицательную. Вот её смещение:
methanol_negfreq.jpg
Кстати, на этом форуме можно в пост вставить анимированный гиф?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Auld-Bore
Сообщения: 18
Зарегистрирован: Пт апр 29, 2011 5:38 pm

Re: Отрицательная частота в выдаче Orca

Сообщение Auld-Bore » Чт май 26, 2022 2:44 pm

Попробуйте повернуть метильную группу на 60 градусов.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 839
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Отрицательная частота в выдаче Orca

Сообщение Vit Nhoc » Чт май 26, 2022 5:08 pm

Auld-Bore писал(а):
Чт май 26, 2022 2:44 pm
Попробуйте повернуть метильную группу на 60 градусов.
Не помогло.
Я просчитал ещё несколько карбоновых кислот, и примерно у половины молекул получаются эти отрицательные частоты в симметрии C1. Вот пример моего входного файла:


!B3LYP 6-31++G(D,P) Opt Usesym PAL3 CPCM(Water) AnFreq

* xyz 0 1
C 1.058210000 -0.918538000 0.000000000
H 0.942384000 -1.555068000 0.882257000
H 0.942384000 -1.555068000 -0.882257000
H 2.046583000 -0.460995000 0.000000000
C 0.000000000 0.148314000 0.000000000
O 0.198766000 1.351241000 0.000000000
O -1.247992000 -0.372463000 0.000000000
H -1.886796000 0.362253000 0.000000000
*

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 836
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Отрицательная частота в выдаче Orca

Сообщение madschumacher » Чт май 26, 2022 9:07 pm

Vit Nhoc писал(а):
Чт май 26, 2022 2:38 pm
Вопрос возможно ламерский, я с такими проблемами уже сталкивался ранее и уже не помню, как их решал. Мне надо на Orca 4.2.1 рассчитать некоторые молекулы, в частности метанол.
Решается это просто: переходом к более насыщенным сеткам интегрирования (типа ! Grid7 GridX5) и/или переключением вида/отказа от RI (NoRI). А ещё лучше переходом на 5ю Орку, там улучшили сетки, в результате чего подобных дорогих дополнительных опций не требуется.

А ещё лучше с DFT использовать базисы def2, а не устаревшие несбалансированные попловские наборы.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 839
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Отрицательная частота в выдаче Orca

Сообщение Vit Nhoc » Чт май 26, 2022 9:50 pm

А ещё лучше с DFT использовать базисы def2, а не устаревшие несбалансированные попловские наборы.
Спасибо, а что лучше - def2 или cc-pVTZ? Ответ прошу обосновать т.к. мне всегда казалось что cc-pV*Z это самые универсальные базисы.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 839
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Отрицательная частота в выдаче Orca

Сообщение Vit Nhoc » Пт май 27, 2022 12:46 pm

madschumacher писал(а):
Чт май 26, 2022 9:07 pm
Решается это просто: переходом к более насыщенным сеткам интегрирования (типа ! Grid7 GridX5) и/или переключением вида/отказа от RI (NoRI). А ещё лучше переходом на 5ю Орку, там улучшили сетки, в результате чего подобных дорогих дополнительных опций не требуется.
Попробовал !Grid7, !Gridx5, !NoRI, не помогло - всё равно одна частота -60 при симметрии C1. Как быть?

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 836
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Отрицательная частота в выдаче Orca

Сообщение madschumacher » Пт май 27, 2022 3:18 pm

Vit Nhoc писал(а):
Пт май 27, 2022 12:46 pm
Попробовал !Grid7, !Gridx5, !NoRI, не помогло - всё равно одна частота -60 при симметрии C1. Как быть?
Перейти на Orca 5. В ней реально стало меньше такой фигни.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 839
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Отрицательная частота в выдаче Orca

Сообщение Vit Nhoc » Сб май 28, 2022 10:07 am

Провёл расчёт без сольватации (CPCM(Water)) и отрицательная частота пропала. Может быть можно взять какую-нибудь другую модель сольватации, и будет лучше?

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 836
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Отрицательная частота в выдаче Orca

Сообщение madschumacher » Сб май 28, 2022 8:07 pm

Vit Nhoc писал(а):
Сб май 28, 2022 10:07 am
Провёл расчёт без сольватации (CPCM(Water)) и отрицательная частота пропала. Может быть можно взять какую-нибудь другую модель сольватации, и будет лучше?
О, точно, эти модели тоже могут приводить к частотам отрицательным. Решение то же: Орка 5я, я не помню рецепта, чтобы это фиксилось в 4й.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 839
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Отрицательная частота в выдаче Orca

Сообщение Vit Nhoc » Вт июн 21, 2022 12:44 pm

Я перешёл на пятую Орку, таких проблем стало меньше, но они остались: иногда расчёт в C1 выдаёт отрицательную частоту. Я попробовал задавать !TightOpt. Критерий сходимости уменьшился, но для конкретного проведённого расчёта результат не изменился (отрицательная частота осталась). Как можно ещё уменьшить критерий сходимости? Есть ли в Орке опции вроде !VeryTightOpt?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1913
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Отрицательная частота в выдаче Orca

Сообщение amge » Вт июн 21, 2022 2:15 pm

Vit Nhoc писал(а):
Вт июн 21, 2022 12:44 pm
расчёт в C1 выдаёт отрицательную частоту
Молекула не симметричная ли? Если да, то никакое повышение точности не поможет. В орке единственный выход - исказить геометрию.
PS Снимаю вопрос - в начале темы сказано.
Последний раз редактировалось amge Вт июн 21, 2022 2:47 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 836
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Отрицательная частота в выдаче Orca

Сообщение madschumacher » Вт июн 21, 2022 2:16 pm

Vit Nhoc писал(а):
Вт июн 21, 2022 12:44 pm
Я перешёл на пятую Орку, таких проблем стало меньше, но они остались: иногда расчёт в C1 выдаёт отрицательную частоту. Я попробовал задавать !TightOpt. Критерий сходимости уменьшился, но для конкретного проведённого расчёта результат не изменился (отрицательная частота осталась). Как можно ещё уменьшить критерий сходимости? Есть ли в Орке опции вроде !VeryTightOpt?
Опция то есть, но есть, но видимо это какой-то артефакт модели растворителя. Если новая Орка не вылечила, то наверное не поможет в ней ничего уже. :dontknow:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12522
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Отрицательная частота в выдаче Orca

Сообщение Гесс » Вт июн 21, 2022 5:07 pm

А какая там настройка пцма в вопросе как проходит граница?, там поминтся 4 варианта типа 2×2 опций про вдв и про поверхность обкатывания, и одна из них нерекомендуемая по мануалу. С телефона быстро не найду, чтото на g.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12522
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Отрицательная частота в выдаче Orca

Сообщение Гесс » Ср июн 22, 2022 12:07 am

Открыл мануал, поиграйте с
surfacetype vdw_gaussian # Cavity surface: gepol_ses, gepol_sas, vdw_gaussian, gepol_ses_gaussian

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя