Добавление водородов в PDBQT (autodock)

[dmitriys]

Здравствуйте!
Имеется структура белка в рентгене.
Далее. Добавляю водороды в avogadro2. OK. Из mgltools беру скрипт prepare_receptor4.py, на вход белок с водородами.
Получается PDBQT. После открытия PDBQT в avogadro2 водороды уходят. В чем проблема, не понимаю.

[Ahha]

Что, прямо все-все-все уходят? Так не должно быть. NH и OH должны оставаться, смотрите внимательнее.

[dmitriys]

Эти остаются. А водороды при С?

[Ahha]

А водороды при С?

А они по умолчанию не остаются. Про вину не помню, а в мануале самого аутодока это написано. Да и в описании скрипта это указано.